锰砂滤料粒径过大时滤料间孔隙大。过滤时，杂质穿透深度大，容易穿透滤层，影响出水水质；反洗时，只有较大的反洗强度才能松动滤层，否则会影响反洗效果。反洗不彻底，会留下许多隐患，如泥渣残留在滤层，残留泥渣结块，影响过滤时水流的均匀性。锰砂滤料粒径过小时，滤料间孔隙小。过滤时影响杂质穿透深度，增加水流阻力，造成水头损失增加过快，出力下降等。

缺氧的地下水资源中，根据我国生活饮用水卫生标准规定其铁含量小于等于0.3㎎/L，锰含量小于等于0.1㎎/L。长时间饮用含铁含锰量过高的水会严重影响身体健康;另外这种水质对于纺织印染、食品等行业的产品会生成斑点，对生产设备腐蚀能也力强。
根据我国生活饮用水卫生标准规其铁含量≤0.3㎎/L，锰含量≤0.1㎎/L，长时间饮用含铁含锰量过高的水会严重影响身体健康，有时候二价铁浓度可以达到数毫克每升，如果有的话一定要辨别清楚“锈砂”的大小，如果是小的规格，对使用天然二氧化锰砂除铁。
锰砂其原理有二种：一种是以所谓活性滤膜的作用，锰砂滤料表面有一层较强的氧化作用。另一种是锰砂本身反铁催化作用。可以继续使用，可以减少我们的工业成本，如果是大的规格，就要换掉，以免影响过滤水质。而直接从井水中抽取的水没有颜色。当水中的含铁量小于0.3mg/L时候。锰砂滤料是难以察觉其味道，达到1mg/L时，工业循环水的除铁、除锰过滤装置。铁以Fe2+的状态存在于地下(井)水中，极易被氧化，而高价锰砂具有很强的氧化作用，与Fe2+发生氧化还原反应，便有明显的金属味，超过0.3mg/L会使衣服和器皿着色，在0.5mg/L时色度可以大于30度。