根据医院的规模、性质和处理污水排放去向，进行工艺选择。根据医院分类，分为传染病医院和综合医院。医院污水处理后排放去向分为排入自然水体和通过市政下水道排入城市污水处理厂两类。
医院污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。
工艺选择原则为：
1、传染病医院必须采用二级处理，并需进行预消毒处理。
2、处理出水排入自然水体的县及县以上医院必须采用二级处理。
3、处理出水排入城市下水道(下游设有二级污水处理厂)的综合医院推荐采用二级处理，对采用一级处理工艺的必须加强处理效果。
4、对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理效果的一级处理。
(二)不同处理工艺的应用情况考虑到以上原则，本方案设计的医院污水处理工艺流程进行比较: 随着污水处理技术不断地发展，近年开发的在国内外普遍应用的工艺有：
1、加强处理效果的一级处理工艺 对于处理出水最终进入二级处理城市污水处理厂的综合医院，应加强其处理效果，提高ss的去除率，减少消毒剂用量。加强一级处理效果宜通过两种途径实现：对现有一级处理工艺进行改造以加强去除效果和采用一级强化处理技术。
(1)工艺流程 对于综合医院(不带传染病房)污水处理可采用“预处理→一级强化处理→消毒”的工艺。通过混凝沉淀(过滤)去除携带病毒、病菌的颗粒物，提高消毒效果并降低消毒剂的用量，从而避免消毒剂用量过大对环境产生的不良影响。

3、生化池采用生物接触氧化法，其填料的体积负荷比较低，微生物处于自身氧化阶断，产泥量少，仅需三个月（90天）以上排一次泥（用粪车抽吸或脱水成泥饼外运）。
4、该地埋式生活污水处理设备的除臭方式除采用常规高空排气，另配有土壤脱臭措施。
5、整个设备处理系统配有全自动电气控制系统和设备故障报警系统，运行安全可靠，平时一般不需要专人管理，只需适时地对设备进行维护和保养。