根据医院的规模、性质和处理污水排放去向，进行工艺选择。根据医院分类，分为传染病医院和综合医院。医院污水处理后排放去向分为排入自然水体和通过市政下水道排入城市污水处理厂两类。
医院污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。
工艺选择原则为：
1、传染病医院必须采用二级处理，并需进行预消毒处理。
2、处理出水排入自然水体的县及县以上医院必须采用二级处理。
3、处理出水排入城市下水道(下游设有二级污水处理厂)的综合医院推荐采用二级处理，对采用一级处理工艺的必须加强处理效果。
4、对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理效果的一级处理。
(二)不同处理工艺的应用情况考虑到以上原则，本方案设计的医院污水处理工艺流程进行比较: 随着污水处理技术不断地发展，近年开发的在国内外普遍应用的工艺有：
1、加强处理效果的一级处理工艺 对于处理出水最终进入二级处理城市污水处理厂的综合医院，应加强其处理效果，提高ss的去除率，减少消毒剂用量。加强一级处理效果宜通过两种途径实现：对现有一级处理工艺进行改造以加强去除效果和采用一级强化处理技术。
(1)工艺流程 对于综合医院(不带传染病房)污水处理可采用“预处理→一级强化处理→消毒”的工艺。通过混凝沉淀(过滤)去除携带病毒、病菌的颗粒物，提高消毒效果并降低消毒剂的用量，从而避免消毒剂用量过大对环境产生的不良影响。

3、生化池采用生物接触氧化法，其填料的体积负荷比较低，微生物处于自身氧化阶断，产泥量少，仅需三个月（90天）以上排一次泥（用粪车抽吸或脱水成泥饼外运）。
4、该地埋式生活污水处理设备的除臭方式除采用常规高空排气，另配有土壤脱臭措施。
5、整个设备处理系统配有全自动电气控制系统和设备故障报警系统，运行安全可靠，平时一般不需要专人管理，只需适时地对设备进行维护和保养。

医疗废水处理流程如下：
预处理+一级处理+二级处理+深度处理+消毒+出水
改变医院废水水质的过程。主要是杀灭废水中的致病微生物。为了提高消毒效果，在消毒前可对废水进行预处理，包括一级和二级处理。
消毒：
医疗废水消毒处理方法有氯化法、臭氧法、紫外线消毒法。氯化法消毒中主要有液氯法、投氯酸钠和二氧化氯法等三种。
为消灭废水或污泥中的病原体或使之灭活而进行的处理过程。分为废水消毒和污泥消毒。
医院废水处理主要是消毒，即杀灭病原体。医院废水的水质十分复杂，一般随着用水量的增大，相应的污染物浓度也越来越高，医院废水处理流程应尽可能设调节池，调节池不但可以调节水量，消灭高峰负荷，并可以调节水质，使其处理效果不会因水质变化而受到干扰二氧化氯消毒剂的投加点一般选择在调节池之后。浮选沉淀后经消毒池（由二氧化氯混合发生器制备的消毒剂）进行消毒后，达标排放。自发浮选沉淀池的剩余污泥排入调节池，调节池和接触氧化池的污泥打入污泥消化池进行好氧消化处理可达标排放。
接触氧化+沉淀+消毒
好氧生化处理单元去除CODcr、BOD5等有机污染物，好氧生化处理可选择接触氧化、活性污泥和高效好氧处理工艺，如膜生物反应器、曝气生物滤池等工艺。采用具有过滤功能的高效好氧处理工艺，可以降低悬浮物浓度，有利于后续消毒。膜生物反应器将膜分离技术与生物处理技术相结合的一种全新废水处理技术主要由生物处理装置曝气池和膜分离组件组成废水中的绝大部分有机物被微生物所分解膜分离组件将混合液中直径大于膜孔径的微粒和微生物截留下来得到可作为力水回用的处理出水或合格的排放水。
一级接触氧化+一级沉淀+二级接触氧化+二级沉淀+消毒
废水经提升后进入混凝沉淀池进行混凝沉淀，沉淀池出水进入接触池进行消毒，接触池出水达标排放。调节池、混凝沉淀池、接触池的污泥及栅渣等废水处理站内产生的垃圾集中消毒外运。消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式。
工艺选择原则
采用技术先进，运行可靠，操作管理简单的工艺，使先进性与可靠性有机地结合起来。 利用高效节能的治理工艺，极大地降低工程运行费用。 采用成熟的先进技术工艺，有效控制工艺造价。废水处理工艺以处理效果好，动力消耗低，运行稳定，管理方便的生化法为主；主要处理设备选用高效、运行稳定、操作维护容易的设备，以提高废水处理效果、降低处理费用，使废水处理后达到排放标准的要求。

医疗废水处理工艺简述：
废水主要污染物是各种病菌和少量有机物。化粪池出来的废水经过格栅处理大的悬浮固体后流入调节池，在调节池内调节水量和水质，同时还进行厌氧水解，将部分大分子有机物降解微小分子有机酸；经水解后的水流进生物接触氧化池进行生物处理，经生物处理后出水进入沉淀池，沉淀池的水通过水泵提升进入接触消毒池，同时消毒剂与水泵联动进行同步投加，最后出水达标排放。采用“调节池—生化处理—沉淀池--二氧化氯消毒”作为主体处理工艺。该方法具有耐冲击负荷能力强，处理效果稳定可靠、管理简单、污泥产量少等特点
医院和医疗卫生机构排出的含有大量病菌、病毒和其他有毒有害物质的生活废水。按医院性质可分为传染病医院废水和综合医院废水；按废水成分可分为有放射性医院废水、废弃药物医院废水、含量金属离子医院废水。